尹昌衡吸取赵尔丰乃至凤全的教训，注意“宣明佛教，僧番怀之。”审慎处理宗教问题。在收复里塘后，因有人曾支持乡城乱贼，恐遭惩罚，不敢归。尹即亲赴寺庙，召集僧俗人等进行安抚，不谴责一人，“皆感泣”。接连几天，有僧俗聚集商议，表示愿以巨金为都督祝寿。尹知道后，对这些人说，我已与你们说过，“戒贪戒贪，崇佛也。”岂能让你们这样作伤了我的廉洁，听后“众皆大悦，争呼万岁”。后又欲为都督建生祠进行祭祀，“昌衡悉谢之”。 尹善待僧众，西征大业得以顺利推进。

在《西征纪略》中，还附有他的“讲演佛教辞”，其中讲道：“昌衡每接见诸僧，赏赉有差。……本都督不痴，凡尔番民僧众之真诚善良，一见了然，狡诈欺饰，难逃鉴察。非同满清官吏之动辄受人愚弄、被人欺罔。因此，我心既明，我性毫无渣滓，真能自见。故竭力提倡保护尔等，果能如菩萨之慈悲救世，断无不立地成佛之理。凡番民之不善者，皆须使之皈依佛法，改过自新，以本都督普渡众生之志为志，不贪、不嗔、不痴这本使边地众生皆如恒河沙数佛，尔等喇嘛皆如无量功德佛，方不负本都督提倡保护之苦心，如来垂教之宗旨，及尔等出家之本意。如其不然，三戒未除，万恶环生，则是佛门罪人。本都督如不诛戮，佛菩萨必不能救渡。……发诛赵擒傅之余烈，先将诸魔服，然后再渡众生。此本都督来此保护尔等必先身率大兵之本意也。……今日劳尔等久立，候他日军事稍暇，再与尔等研究三乘，乘警共证揭谛……各喇嘛矗立静听，有合掌诵佛者，有闭目传神者，有顶礼皈心者，有偏袒膜拜者，佥曰：我都督真护法佛也。于是群生觉悟，皆大欢喜，咸传远迩，番众大服。”从中可见尹氏西征中审慎处理宗教之一斑。由于正确处理宗教，团结广大僧俗群众，对稳定川边起到了很好作用。